Zuerst muss sichergestellt sein, dass die Gruppenmitglieder sich auch als solche sicher authentifizieren können. Grundlegende Voraussetzung dafür ist meist ein Schutz aus Zugangskennung und Passwort. Die richtige Kombination dieser beiden Parameter authentifiziert ein Gruppenmitglied als gültigen Benutzer. Sicherer funktionieren modernere Methoden der Authentifizierung, etwa die Benutzung von SmartCards. Eine Software, die dafür eine Schnittstelle bietet, ist als potentiell sicherer einzustufen.
Sicherheit bei der Benutzung von Groupware kann etwa bedeuten, dass die Systeme über eine https-Verbindung bedient werden. https ist eine Erweiterung des http-Protokolls, das die gängigen Web-Server zur Verfügung stellen und eigentlich alle Browser auch unterstützen. Auch die meisten Web-basierten Groupware-Programme können diesen verschlüsselten Weg der Kommunikation nutzen.
Sicherheit in Bezug auf Groupware bedeutet auch, dass es eine Möglichkeit geben muss, so genannte Gruppenrichtlinien festzulegen, also verschiedenen Gruppenmitgliedern unterschiedliche Rechte zu geben. Normalerweise sollte es eine Gruppe Admnistratoren geben, die erweiterte Rechte hat. Auch eine Gruppe für ,,normale Benutzer`` sollte eingerichtet sein, damit alltägliche Arbeiten nicht unnötig mit erweiterten Rechten ausgeführt werden und so eine potentielle Sicherheitslücke darstellen.
Grundlegende Untersuchungen zur Sicherheit von Open-Source-Software haben gezeigt, dass diese Systeme potentiell sicherer sind als proprietäre. Eine Zusammenstellung gibt es auf den Web-Seiten von David A. Wheeler3.2.
Auch die Integrität der gespeicherten Daten ist ein wichtiger Teil von Sicherheit. Es sollte zum Beispiel sichergestellt werden, dass es eine Backup-Möglichkeit gibt, die wichtige Daten in regelmäßigen Abständen sichert.